Система SWIFT має багаторівневу архітектуру. На нижньому рівні знаходяться банківські установи, де встановлені інтерфейсні системи (ІС), за допомогою яких вони підключаються до мережі. SWIFT пропонує своїм користувачам цілий спектр ІС. Користувачі можуть запропонувати свій варіант ІС, але вона обов’язково погоджується з SWIFT.
Наступний рівень — це регіональні процесори (РП), що розміщені в більшості країн, банки яких вступили в SWIFT. До одного регіонального процесора може бути підключена довільна кількість інтерфейсних систем. Регіональні процесори виконують прийом та перевірку повідомлень користувачів системи і передають їх для подальшої обробки на груповий процесор (SP). Груповий процесор здійснює розподіл повідомлень за адресами по регіональних процесорах, виконує зберігання, архівування та пошук повідомлень, а також генерацію системних звітів. Обмін повідомленнями між РП і SP виконується через світові інформаційні мережі пакетної комутації (Х.25). Крім мереж з комутацією пакетів, SWIFT може використовувати більш сучасні технології АТМ, Frame Relay і т.п.
На верхньому рівні знаходиться операційний центр, який складається з процесора повідомлень, процесора контролю та центра управління, які виконують моніторинг всіх повідомлень системи.