Михайло Олександрович Врубель народився 5 (17 березня) 1856 в місті Омськ. Він третя дитина в родині.
Батько художника, Олександр Михайлович, поляк за походженням, був військовим юристом. Прізвище Врубель з польської означає «горобець». Як і багато військових, батько часто переїжджав з місця на місце за військовим наказом, тому сім'я постійно мешкала в різних містах — Саратов, Астрахань, Петербург, Омськ. Мати Михайла померла, коли сину виповнилося три роки. Вихованням хлопчика займалися батько і мачуха, бо батько одружився вдруге. Мачуха Єлизавета Христианівна добре грала на роялі і прищепила малому Михайлові смак до музики та театру. Михайло мав дуже теплі дружні відносини зі своєю старшою сестрою Олександрою.
Як і всі діти, Михайло багато малював в дитинстві. Батьки не забороняли йому малювати, навіть наймали йому приватних вчителів, але призначали парубку кар'єру юриста. Слухняний син приїхав в Петербург і став студентом юридичного факультету Петербурзького університету. Але Михайло Врубель був байдужим до юридичних наук, і став студентом, поступившись тиску родини.