Інтереси водного транспорту враховуються при вирішенні проблем комплексного використання водних ресурсів великих і деяких середніх і малих річок, а інколи гідротехнічне будівництво було зумовлене якраз його потребами (наприклад, будівництво Дніпрогесу).
Для підтримання необхідних судноплавних умов здійснюються заходи з організації судноплавного облаштування водних шляхів (встановлення знаків і сигналізації для забезпечення безаварійного судноплавства) і регулюванню габаритів водних шляхів (розчистка і поглиблення русел, спрямлення звивистих ділянок тощо).
Водний транспорт висуває значні вимоги до режиму річкового стоку. Його інтереси мають узгоджуватися із потребами інших водокористувачів.
За тривалістю навігації водні шляхи бувають цілорічної і періодичної дії; за наявністю споруд їх поділяють на вільні і шлюзовані, за способом перевезення – на судноплавні і сплавні.