Цей механізм найчастіше використовується при обслуговуванні банками компаній, але іноді його пропонують і індивідуальним клієнтам. Плюс ЕЦП в тому, що вона дозволяє однозначно ідентифікувати користувача. Недолік же полягає в тому, що ЕЦП також може бути вразлива для шахраїв. Зловмисники можуть викрасти ключа від цифрового підпису, заразивши комп'ютер користувача шкідливим програмним забезпеченням. Існують віруси-«троянці», які вміють знаходити і красти на зараженому комп'ютері аутентифікаційні дані (ідентифікатори, паролі і ключі ЕЦП) користувачів для доступу до різних сервісів (у тому числі і серверів віддаленого обслуговування клієнтів банків.
Якщо для підтвердження фінансових операцій через Інтернет клієнт використовує ЕЦП, він повинен регулярно користуватися актуальними антивірусними програмами та перевіряти комп'ютер на предмет зараження комп'ютерними вірусами. Також експерти не радять залишати ключ ЕЦП підключеним до комп'ютера, якщо він на флеш-карті, і встановленим в браузері, якщо він у вигляді файлового сертифіката.