Розробка програм пов'язана із посиленням централізації в процесах прийняття рішень на окремих напрямах планування. Програми розробляються для вирішення тих проблем, які не можуть бути у цей момент ефективно вирішені на основі галузевого і територіального розподілу функцій. Управлінець будь-якого рівня може прийняти рішення про розробку комплексної програми, якщо в процесі діяльності відчуває необхідність в централізації функцій підпорядкованих нижчих рівнів.
Реалізація багатьох програм пов'язана з відносно різкими змінами стану економічної системи, що можуть стати наслідком інтенсивних інвестиційних вкладень. Подібні різкі зміни економічної системи призводять до того, що часто структура системи планування й управління не може своєчасно відреагувати на них, призводячи до ускладнення процесів координації діяльності підсистем.
При організації процесів координації в багаторівневій системі управління слід виділяти три аспекти:
1) побудова організаційної структури системи управління;
2) вибір критеріїв якості для завдань, які вирішуються кожним елементом системи управління;
3) визначення характеру і часових орієнтирів наступних взаємовідносин між елементами різних рівнів управлінської ієрархії.
Ці питання, не дивлячись на їх взаємозв'язок, мають і відносну самостійність.
Під організаційною структурою системи управління розуміють перш за все адміністративну структуру у поєднанні зі складом функцій і важелів управління економічних і зовнішньо-економічних.
Окрім структурних факторів суттєвими є локальні критерії якості роботи елементів системи управління та механізм взаємодії між ними. Важливу роль тут відіграють фактори, пов'язані із особливостями діяльності в ієрархічних структурах підприємства, і, зокрема, фактори, пов'язані з соціально-психологічною оцінкою планової інформації і мотивацією при прийнятті рішень персоналом підприємства.
В програмах можуть не дотримуватися прийняті в тому чи іншому вигляді планові часові орієнтири наступних взаємовідносин між елементами системи управління. Так, якщо в довготерміновому плані розвитку народного господарства передбачається визначати у розрахунку на п'ятирічні періоди, то в довготермінових програмах може прийматися інша одиниця.
Дотримання основних критеріїв координації в системі управління дозволяє зробити програмно-цільовий підхід до прийняття управлінських рішень природним доповненням інших підходів і у певних випадках подолати ряд непередбачених труднощів.