Структура шестичленного гетероциклу – піридину нагадує бензол.
У них близькі довжини зв’язків у циклах (0,140 нм у бензолі, 0,137-0,139 нм в піридині). Валентний кут між зв’язками в обох молекулах 1200С. На відміну від неполярного бензолу кільце піридину являє собою диполь з великим електричним моментом. Негативний заряд в піридині розташований на атомі нітрогену, а позитивний – на атомах карбону. Неподілена р-електронна пара атому нітрогену не приймає участі в утворенні ароматичного секстету, тому нуклеофільні властивості атому нітрогену за рахунок цієї пари електронів зберігаються. Він може приєднувати протон, галогеналкіли, галогени. В цих реакціях піридин веде себе, як основа – третинний амін.
Дефіцит електронної густини на атомах карбону піридинового кільця зумовлює його низьку активність в реакціях електрофільного заміщення (меншу ніж у нітробензолі) і підвищену активність в реакціях нуклеофільного заміщення. Відповідно до розподілу електронної густини має місце β-орієнтація в реакціях електрофільного заміщення і α- , γ- орієнтація в реакціях нуклеофільного заміщення. Електрофільне заміщення потребує жорстких умов і дає невисокі виходи продуктів. Звертає увагу легкість розкриття кільця піридину на відміну від бензолу.