• Гідрологія і Гідрометрія
• Господарське право
• Економіка будівництва
• Економіка природокористування
• Економічна теорія
• Земельне право
• Історія України
• Кримінально виконавче право
• Медична радіологія
• Методи аналізу
• Міжнародне приватне право
• Міжнародний маркетинг
• Основи екології
• Предмет Політологія
• Соціальне страхування
• Технічні засоби організації дорожнього руху
• Товарознавство продовольчих товарів

Побудова контінгів шляхом зонтування з кінців фрагментів

FPC: аналіз фінгерпрінгів

Гель для обробки зображень

Аналіз рестрикційних фрагментів

Рестрикційне картування велико-вставочних клонів

Генерує велику кількість фрагментів

Вимагає високої роздільної здатністі відокремлення фрагментів

-- Можна зробити за допомогою геля-електрофорезу

Коли ферменти рестрикції використовуються для побудови контігівз велико-вставочних клонів (наприклад, BACs, PACs, чи YACs), велика кількість фрагментів зазвичай генеруються, в зв'язку з розміром вставки. Потенційна проблема в тому, що два фрагменти які трохи відрізняються розміром будуть сприйматися як однакового розміру. Щоб вирішити цю проблему, використовують гель-електрофорезу з високою роздільною здатністю (часто використовують гелі схожі на ті, які використовуються для секвенування) можуть бути використані для розділення фрагментів, так що невеликі відмінності в розмірах можуть бути виявлені.

Комп'ютерні програми, автоматичну визначають відмінності в розмірах фрагментів

Можливі помилки:

- Фрагменти такого ж розміру можуть бути в різних послідовностях

- Рестрикцій ні елементи дають такі ж самі розміри, але в різних локусах

Для автоматизації порівняння фрагментів рестрикції, були написані комп'ютерні програми що які використовують для безлічі фрагментів однакової довжини, а потім розраховують перекриття двох вставок. Навіть з гелем-електрофорезом з високою пропускною здантістю, інколи виникають помилки в цьому виді фізичного картування. Одна така помилка може надходити з двох фрагментів рестрикції, які мають однакову довжину, насправді знаходяться в різних послідовностях. Іншою проблемою є повторюючи елементи, які можна знайти в більшості геномів. Тому що послідовність цих елементів високо консервативна, вони, як правило, мають ті ж сайти рестрикції в них і таким чином утворюють той же розмір фрагмента при розрізанні ферментами рестрикції. Це може привести до помилкового висновку, що є дві вставки з перекриваючих частин хромосоми, коли насправді вони просто містять ті ж повторюючі елементи.

На цьому слайді показаний приклад зчитування інформації програмою, яка визначає перекриття рестрикційних фрагментів.

На цьому слайді показаний приклад програми зчитування, яка виробляє контінги на основі відбитків пальців ( фінгерпрінгів) . Фактично рестрикційні фрагменти показані для трьох підкреслених клонів в правій панелі.

Ізолювання ДНК з обох кінців вставки

Ярлик і зонт геномної бібліотеки

Ідентифікація гібридних клонів

Повтори з кінців перекриваючих клонів

Інший підхід до побудови контігів, щоб ізолювати ДНК з обох кінців вставки. Кожен з кінців потім помічений і використовуються для дослідження геномної бібліотеки у векторі (BAC, PAC, і т.д.). Вставки, які гібридизують кінці зонда - ізольовані. Кінці нових ізольованих клонів потім використовують в якості зондів, і процес повторюється. Зображення на цьому слайді показані результати гібридизації з сумішшю кінців зондів в бібліотеці BACs в мікрочіпах.

Хромосомне переміщення ( ходьба)

Об'єднує зондування вставки кінців з рестрикційним картуванням

Спочатку знаходження гібридизованих колоній

- Потім створюють рестрикційні карти

Визначити клон з найкоротшим перекриттям

Зондувати його кінець

Повторити процес

При зондуванні кінців фрагментів вони поєднуються з перекриваючими рестрикційними фрагментами, в результаті процедуру часто називають "хромосомна ходьба.« Цей процес зазвичай починається з генетичного картування, яке ідентифікує фізичний маркер, як він пов'язаний з локусом інтереса (наприклад, локус для хвороби риса). Клон, що містить фізичний маркер потім виділяють, а його кінці використовуються для дослідження геномних бібліотек. Гібридизовані клони очищають і потім розрізають рестриктазами. Порівняння розмірів фрагментів рестрикції використовується для ідентифікації вставки з найменшим перекриттям (перекриття, яка знаходиться далі всього від вставка з фізичним маркером). Зонд з кінця цього клону, який поширює його в потрібному напрямку. Цей зонд гибрідизують геномною бібліотекою, і процес повторюється.

Читайте також:

1. Анатомічна будова кісток вільної нижньої кінцівки
2. Анатомія кісток верхньої і нижньої кінцівок та їх з’єднання
3. Арешт коштів на рахунку платника податків здійснюється виключно на підставі рішення суду, шляхом звернення органу державної податкової служби до суду.
4. АСОЦІАЦІЯ. ПОБУДОВА АСОЦІАТИВНОГО КУЩА
5. Бюджетне фінансування наукових досліджень здійснюється шляхом базового та програмно-цільового фінансування.
6. Бюджетний устрійпоказує, в який спосіб побудована бюджетна система. Іншими словами,він відображає організацію вертикальної структури бюджету держави за рівнями влади.
7. Важливе місце при цьому приділялося так званій «сімейній дипломатії», тобто укладенню вигідних союзів і угод шляхом династич­них шлюбів.
8. Вени верхньої кінцівки
9. Визначте, в якому з фрагментів представлено пізнавальну позицію кантівського агностицизму.
10. Визначте, в якому з фрагментів представлено пізнавальну позицію об’єктивного ідеалізму.
11. Вилучення строкових вкладів відбувається шляхом переказу грошей на поточний (картковий) рахунок або готівкою із каси банку.
12. Вирішення проблеми не міститься в існуючому знанні та не може бути отримане шляхом перетворення наявної наукової інформації.

Переглядів: 727