Складні (двокомпонентні) ферменти крім білкової частини містять групу небілкової природи – кофактор. Усі кофактори ферментів поділяються на коферменти, простетичні групи та активатори.
Коферменти зв’язані з білковою частиною ферменту слабкими електростатичними або вандерваальсівськими силами (НАД+, НАДФ+, ліпоєва кислота, кофермент А).
Простетичні групи зв’язані з апоферментом ковалентними зв’язками (ФМН, ФАД, ТПФ).
До активаторів ферментів належать такі кофактори, які прискорюють реакції, що каталізуються ферментами. Активаторами часто є іони металів – магнію, цинку, марганцю, кобальту та ін.