Послідовність читання флуоресцентно мічених реакцій

Послідовність читання радіоактивно мічений реакції

Капілярний електрофорез

Поділ послідовності

Зупинений ланцюг потребує розділення ( за мол. мас.)

Потрібна одна пара основ

-Див різницю між ланцюгом X і X +1 пар основ

Гель-електрофорез

-дуже тонкий гель

-висока напруга

-використання радіоактивних або флуоресцентних міток

Щоб визначити розташування кожної з основ в послідовності потрібно зупинити синтез ланцюгів і розділити їх, що побачити різницю розходження кожної з основ. Це означає, наприклад, що ланцюг довжина 35 основ повинні буде відрізнятися від ланцюга 34 або 36 основ. Ця задача зазвичай виконується за допомогою електрофорезу за допомогою гелю або капіляр. Використовують дуже тонкий гель, з високою напругою. Або радіоактивно мічені або флуоресцентно мічені продукти реакції можуть бути розділені на гелі.

Нові автоматизовані секвенатори використовують дуже тонкі капіляри

Всі чотири флуоресцентні реакції проводяться в одному капілярі

96 капіляра може працювати одночасно

Більшість автоматизованих секвенаторів тепер використовують електрофорез через дуже тонкі капіляри для розділення фрагментів ДНК, продуктів реакції секвенування. Всі чотири флуоресцентно мічені реакції проходять через один капіляр. Машини, такі як ABI 3700, зображені на цьому слайді, мають 96 капілярів, які можуть працювати одночасно.

Радіоактивно мічені реакції

-гель сушать

-розміщюють на рентгенівській плівці

-послідовність читають знизу вгору

-кожна смуга являє собою різні основи

На заключному етапі секвенування потрібно прочитати послідовності. Радіоактивно мічені послідовності реакцій проходять через гель, гель сушать, а потім шматок рентгенівської плівки знаходиться на ньому. Після фільму (film is developed), положення кожної групи стає видимим. Послідовність читають з нижньої частини гелю на верх, по кожній з чотирьох смуг визначаючи позицію кожної основи: A, T, C і G.

Флуоресцентно мічені реакції скануються лазером, що в певний момент передається

Колір підбирається детектором

Вихідні дані направляється безпосередньо до комп'ютера

Для флуоресцентно мічених реакцій, які розділяються або гелем-електрофорезом або через капіляр, фрагменти виявляються лазерем, коли вони проходять через певну точку. Кожен з чотирьох кольорів підібраний за допомогою детектора, а вихідні дані надходять безпосередньо на комп'ютер. Зчитування дається як з точки зору кількості основ і з точки зору інтенсивності кожного кольору, так що неоднозначні свідчення легко ідентифікуються.

Читайте також:

<== попередня сторінка	\|	наступна сторінка ==>
Детекція послідовності	\|	Піросеквенування 3

Не знайшли потрібну інформацію? Скористайтесь пошуком google:

Генерація сторінки за: 0.004 сек.